In de 18e eeuw zijn de Nederlanders verdreven tot begin 19e eeuw waarbij de Engelsen een deel wilde teruggeven aan de Nederlanders om een balans te krijgen wat betreft koloniën, zij wilden dus niet dat de Fransen een overwicht in het verre oosten zouden krijgen.

Dit lukte echter in het begin niet en dit kostte veel geld, het zag ernaar uit dat de Nederlanders Indonesië weer zouden verlaten, uiteindelijk kregen ze toch vaste voet in Indonesië.
Begin 20e eeuw kregen delen van Indonesie van de Nederlanders een zelfbestuur, Atjeh was toen ook al een zeer opstandige provincie, waarbij zeer veel Indonesische slachtoffers zijn gevallen. In de beginjaren 40, zijn de Japanners naar Indonesië gekomen, de Landheren die voornamelijk uit Nederlanders bestonden moesten weg en werden in Interneringskampen gezet van de Japanners, echter de Nederlanders waren al vermengd met de Indonesische bevolking. Degene die zich Nederlander of onderdaan van Nederland mochten noemen, daarvan was 60% gemengd met de Indonesische bevolking. Veelal hoefde deze gemengde nakomelingen van de Nederlanders, niet naar de interneringskampen op enkele uitzonderingsgebieden na.

De (Nederlandse) gouverneur die aangesteld was in het gebied Atjeh in 1939, is in 1944 geëxecuteerd. Na de oorlog probeerde de Nederlandse staat Indonesië te herwinnen en vanaf 1947 zijn zij met grote getalen (het leger) gekomen, zij hebben een omgaande beweging gemaakt langs het Toba meer waar ze op heftige tegenstand stuitte, maar zij konden zeer snel optrekken naar Pematang Siantar en Medan.

Er word weleens gedacht dat Nederland rijk of rijker is geworden door de exploitatie van specerijen, dit is deels wel waar en mogelijk zeker in het begin van de oprichting van de VOC, maar dan spreekt men van de 16e eeuw, het grootste export product vanaf de 19e en begin 20e eeuw van Indonesië naar Nederland bestond uit gewoon cash geld, om de staatskas in Nederland mee te spekken of aan te vullen, dit geld kwam van en met name van de huur en verhuur van het land door de Nederlanders en de belasting die daar over geheven werd in Indonesië kwam ten goede voor het grootste deel aan de staatskas van de Nederlandse staat.
Geruchten doen de ronde nu nog steeds in Indonesië dat in het noordelijk simalungun gebied , het Nederlandse leger in de jaren voor 1939, schietoefeningen hielden.In dit gebied zijn op onverklaarbare wijze veel mensen verdwenen.

De Batak Simalungun hebben altijd een eigen identiteit kunnen behouden, in de eeuwen daarvoor werd de Batak-Simalungun groep met rust gelaten, ook door de Nederlanders omdat zij als gevaarlijk aangemerkt werden door de Westerlingen. Om juist die reden wilden de Nederlanders begin 1900 ook deze groepsbevolking onderwerpen. Een van de grote tegenstanders was Soekarno, deze probeerde al voor de oorlog in 1940 met de Japanners samen te werken, na 1945 heeft hij de onafhankelijk uitgeroepen maar de Nederlanders kwamen terug. In 1949 is er echter een resolutie aangenomen door de VN, zeer tegen de zin van Wilhemina, de koningin toen in Nederland en moesten de Nederlanders Indonesie verlaten, totaal zijn er toen ook 300.000 Indonesiërs naar Nederland gekomen, omgerekend bestond en bestaat de Nederlandse bevolking nu voor ongeveer uit 4% puur en/of gemixt met Indonesiërs.
In 1950 zijn in Indonesië Nederlanders/landheren (die niet wegwilden) op onverklaarbare wijze verdwenen. Ook werd door de nieuwe republiek, van de autochtone bevolking, mensen de bergen ingenomen omdat ze hadden samengewerkt met de Nederlanders. De Nederlanders hebben toen zij weggingen voor Sinterklaas gespeeld, het land(goed) werd weggegeven aan de locale bevolking en met name natuurlijk aan de mensen waarmee ze samenwerkte(n). Mogelijk is dit een van de oorzaken dat Indonesië een zeer hoog percentage corruptie tegenwoordig nog steeds kent.

Samenwerking van de Indonesische bevolking met de Nederlanders was vaak noodzakelijk om te kunnen overleven in die tijd. Toen de republiek uitgeroepen werd, was het dus nog steeds niet over, de moeder van mijn vrouw is ook de bergen toen meegenomen door de rebellen, maar ook een oom van haar.(broer van haar moeder). Haar moeder had toen geheel niet met de Nederlanders te maken gehad en werd korte tijd later vrijgelaten. De broer had een stuk land toegewezen gekregen dus had hij samen gewerkt met de Nederlanders, mensen werden toen gewoon vermoord, de oom kon de dans ontspringen door een gearrangeerd huwelijk met de zus van de rebellenleider, en in het huwelijk te treden,(later weer gescheiden). Het waren ook voor de allochtone bevolking in Indonesië begin jaren 50 spannende tijden. In het begin werd de groep Indonesiers die in de jaren 50 naar Nederland waren gekomen, door de Nederlanders niet gezien als een groep met een cultureel verschil maar als een groep met een culturele achterstand gezien.